Mezi náměty dřevorytů Félixe Vallottona patřily výjevy z domácnosti, koupající se ženy, hlavy, portréty a několik davových scén z ulice a demonstrací—zejména několik scén s policií útočící na anarchisty. Obvykle zobrazoval spíš typy než konkrétní jednotlivce, vyhýbal se výrazu silných emocí a jak napsal historik umění, Sasha Newman, "spojil grafický vtip s jízlivým, ne-li ironickým humorem".
Vallotton dosáhl mistrovství v grafice ve své sérii Intimités (Intimity). Jednalo se o sérii deseti grafických listů publikovaných v roce 1898 v Revue Blanche, které se zabývaly napětím mezi muži a ženami. Vallottonovy dřevoryty se často objevovaly v časopisech a knihách jak v Evropě tak ve Spojených státech, také měly významný vliv na grafické umění Edvarda Muncha, Aubreye Beardsleyho a Ernsta Ludwiga Kirchnera.
V roce 1892 byl spřízněný se skupinou Les Nabis, mezi jejíž členy patřili mladí umělci jako Pierre Bonnard, Ker-Xavier Roussel, Maurice Denis a Édouard Vuillard, s nímž Vallottona pojilo celoživotní přátelství. Během 90. let 19. století, když byl Vallotton úzce spojován s avantgardou, odrážely jeho malby styl jeho dřevorytů s plochými barevnými plochami, ostrými hranami a zjednodušením detailů. Jeho náměty zahrnovaly žánrové scény, portréty a akty. Příkladem jeho uměleckých děl ve stylu Nabis je záměrně trapné zobrazení plavců na obraze Koupání za letního podvečera (1892–93), které nyní najdeme v Kunsthaus v Curychu, a symbolistické Měsíční světlo (1895) v Musée d'Orsay.